孔林呈东西长方形，孔子墓居中偏南，其后世子孙则按照古代的丧葬制度，以次安葬在孔子、孔鲤、孔伋三世祖的后面及东西两侧。从总体布局来看，战国时期的墓葬多分布在孔子墓的周围；汉代墓葬在孔子墓西北和东北一带；唐、宋、金时期的墓葬在孔子墓北面和西面；元、明时期的墓葬多分布在林内西部、西北、东部、东北地带；清之后的墓葬多分布在林内东部、西部和北部；中部空闲地带也有部分明、清时期的墓葬。它们依次距孔子墓渐远。从墓葬主人的身份来看，又可分为祖孙三代墓、历代嫡孙墓、历代裔孙墓、家族女性墓。
孔林内现有遗存的墓葬十万多座，以明清之后最多。宋之前的墓葬，因时间久远、自然侵蚀等原因遗存下来很少，有的即使遗存下来，但很难确定墓主身份。本章我们将结合墓主的经历，对孔林内现有遗存的一些重点墓葬进行探讨。